WaveICA batch correction
bc_waveica.RdThis function returns a pmart object that has been undergone either WaveICA or WaveICA_2.0 batch effect correction
Usage
bc_waveica(
omicsData,
batch_cname = NULL,
injection_cname = NULL,
version = "WaveICA",
alpha = 0,
cutoff_injection = 0.1,
K = 20,
cutoff_batch = 0.05,
cutoff_group = 0.05,
negative_to_na = TRUE
)Arguments
- omicsData
an object of the class 'pepData', 'proData', 'metabData', 'lipidData', or 'nmrData', usually created by
as.pepData,as.proData,as.metabData,as.lipidData, oras.nmrData, respectively.- injection_cname
character string giving the name of the column in omicsData$f_data that contains the run order of the samples (to be used for WaveICA2.0)
- version
character string that specifies whether the user wants to run "WaveICA" or "WaveICA2.0" (default is "WaveICA")
- alpha
tradeoff value between the independence of samples and those of variables in ICA, and should be between 0 and 1, defaults to 0
- cutoff_injection
threshold of the variation explained by the injection order for independent components, should be between 0 and 1, defaults to 0.1 (to be used for WaveICA2.0)
- K
maximal component that ICA decomposes, defaults to 20 (though recommendation for K = 10 when using "WaveICA2.0")
- cutoff_batch
threshold of the variation explained by the batch for independent components, should be between 0 and 1, defaults to 0.05 (to be used for WaveICA)
- cutoff_group
threshold of the variation explained by the group for independent components, should be between 0 and 1, defaults to 0.05 (to be used for WaveICA)
- negative_to_na
logical argument that if set to TRUE (default), any raw abundance values that are calculated as a negative value are converted to NA values, this is important if downstream analyese require log2 transformed data
- batach_cname
character string giving the name of the colum in omicsData$f_data that contains the batch information of the samples (to be used for WaveICA)
Examples
library(malbacR)
library(pmartR)
data("pmart_amide")
pmart_amide <- edata_transform(pmart_amide,"log2")
pmart_amide <- group_designation(pmart_amide,main_effects = "group",batch_id = "batch")
impObj <- imputation(omicsData = pmart_amide)
amide_imp <- apply_imputation(imputeData = impObj, omicsData = pmart_amide)
amide_imp_abundance <- edata_transform(amide_imp,"abundance")
amide_wave <- bc_waveica(omicsData = amide_imp_abundance, injection_cname = "Injection_order",
version = "WaveICA2.0",alpha = 0, cutoff_injection = 0.1, K = 10,
negative_to_na = TRUE)
#>
#> waveslim: Wavelet Method for 1/2/3D Signals (version = 1.8.4)
#> Loading required package: nlme
#> This is mgcv 1.9-0. For overview type 'help("mgcv-package")'.
#>
#> Attaching package: ‘mgcv’
#> The following object is masked from ‘package:ica’:
#>
#> sdiag
#> ######Decomposition 1 ########
#> ######Decomposition 2 ########
#> ######Decomposition 3 ########
#> ######Decomposition 4 ########
#> ######Decomposition 5 ########
#> ######Decomposition 6 ########
#> ######Decomposition 7 ########
#> ######Decomposition 8 ########
#> ######Decomposition 9 ########
#> ######Decomposition 10 ########
#> ######Decomposition 11 ########
#> ######Decomposition 12 ########
#> ######Decomposition 13 ########
#> ######Decomposition 14 ########
#> ######Decomposition 15 ########
#> ######Decomposition 16 ########
#> ######Decomposition 17 ########
#> ######Decomposition 18 ########
#> ######Decomposition 19 ########
#> ######Decomposition 20 ########
#> ######Decomposition 21 ########
#> ######Decomposition 22 ########
#> ######Decomposition 23 ########
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#> ######Decomposition 26 ########
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#> ######Decomposition 33 ########
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#> ######Decomposition 36 ########
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#> ######Decomposition 111 ########
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#> ######Decomposition 154 ########
#> ######Decomposition 155 ########
#> ######Decomposition 156 ########
#> ######Decomposition 157 ########
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#> ######Decomposition 159 ########
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#> ######Decomposition 161 ########
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#> ######Decomposition 182 ########
#> ######Decomposition 183 ########
#> ######Decomposition 184 ########
#> ######Decomposition 185 ########
#> ######Decomposition 186 ########
#> ######Decomposition 187 ########
#> ######Decomposition 188 ########
#> ######Decomposition 189 ########
#> ######Decomposition 190 ########
#> ######Decomposition 191 ########
#> ######Decomposition 192 ########
#> ######Decomposition 193 ########
#> ######Decomposition 194 ########
#> ######Decomposition 195 ########
#> ######Decomposition 196 ########
#> ######Decomposition 197 ########
#> ######Decomposition 198 ########
#> ######Decomposition 199 ########
#> ######Decomposition 200 ########
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#> ######Decomposition 460 ########
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#> ######Decomposition 464 ########
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#> ######Decomposition 485 ########
#> ######Decomposition 486 ########
#> ######Decomposition 487 ########
#> ######Decomposition 488 ########
#> ######Decomposition 489 ########
#> ######Decomposition 490 ########
#> ######Decomposition 491 ########
#> ######Decomposition 492 ########
#> ######Decomposition 493 ########
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#> ######Decomposition 497 ########
#> ######Decomposition 498 ########
#> ######Decomposition 499 ########
#> ######Decomposition 500 ########
#> ######### ICA 1 #############
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#> ######### ICA 4 #############
#> ######### ICA 5 #############
#> ######### ICA 6 #############
#> ######### ICA 7 #############
#> ######### ICA 8 #############
#> ######### ICA 9 #############
#> ######### ICA 10 #############
#> ######Reconstruction 1 ########
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